高德注册登录麻省理工学院的机器学习模型发现

高德注册登录【主管QQ554-258】疫苗来阻止COVID-19所发展的现代化,辉瑞、阿斯利康和其他人来说,目前正在III期临床试验,也可能不覆盖黑色或亚洲基因血统的人,因为他们做的白人,周三公布的一项研究由麻省理工学院(Massachusetts Institute of Technology)表示。

“显然有很多其他因素需要考虑,但我们的初步结果表明,平均而言,黑人,亚洲人血统的人可以稍微增加疫苗无效的风险,”该报告的作者之一,大卫·k·吉福德与麻省理工学院的计算机科学与人工智能实验室(CSAIL),颁发麻省理工学院在一份新闻稿中说。

这篇题为“预测SARS-CoV-2亚基疫苗的细胞免疫人群覆盖缺口以及紧凑肽集对其的增强”的报告发表在Bioarxiv预打印服务器上,尚未经过同行评议,这意味着必须格外谨慎地对待它的发现。

最近几周,Moderna、辉瑞(Pfizer)和阿斯利康(AstraZeneca)都宣布了在人体患者身上进行的三期临床试验的初步结果,这些结果显示出令人惊讶的高免疫力,服用这些药物的试验对象感染COVID-19的可能性比服用安慰剂的试验对象低94%至95%。

这三种疫苗的努力只是众多努力中最突出的。根据世界卫生组织的数据,共有51种疫苗在进行临床试验。另有163种疫苗处于临床前评估阶段。

许多疫苗,包括现代化和辉瑞公司和阿斯利康,共享相同的弱点,麻省理工学院的报告声称,这是他们不使用足够多样化的病毒颗粒来刺激相同级别的免疫反应在人群中所有的人,这取决于基因组成。

这份报告采用了计算机模型。高德平台开户吉福德和她的同事刘通用电气和布兰登·卡特,做成与麻省理工学院的两个博士学位的学生,利用机器学习模型预测,基于患者数据和模型的蛋白质免疫系统,如何有可能疫苗”,“意义,成功刺激免疫反应,在不同人群基于自我报告的种族类型或遗传血统。

论文中的工作建立在该小组今年夏天开发两个预测疫苗覆盖率的计算机模型的基础上。一种叫做OptiVax的疫苗可以预测疫苗对免疫反应的刺激。另一种被称为EvalVax,它将免疫反应与人口群体的生物化学反应按种族或遗传祖先的地位绘制出来。

疫苗机制是由这些程序建模的。当入侵的生物进入人体时,比如病毒,病毒的一些位元,即8到25个氨基酸组成的短链,也就是我们所知的缩氨酸,就会进入人体细胞表面的凹槽中。然后,该细胞能够将病毒的片段呈递给身体的T细胞,作为入侵的信号。T细胞开始杀死这些被感染的细胞。

这就是人类自然免疫的工作原理,疫苗通过使用一些特别设计的病毒来模拟细胞的反应来模拟这一过程。

在今年夏天的报告中,Gifford和他的团队警告说,如果没有使用足够的病毒不同部分,可能会造成覆盖的缺口。这是因为人类有不同的“等位基因”,在所谓的主要组织相容性复合体中,人类基因组中编码细胞表面受体的区域,这些受体应该与病毒肽相匹配。一些等位基因产生的细胞受体会或多或少地与一些病毒肽结合。

在目前的研究中,Gifford和他的团队以该研究为基础,证明Moderna、辉瑞和阿斯利康的疫苗存在研究人员在计算机模型中预测的缺陷。

所有的疫苗都使用了相同的病毒片段,高德开户即所谓的刺突蛋白,或S蛋白,以及刺突蛋白的一个特殊区域,称为受体结合区域,或RBD。Gifford和他的团队写道:“目前所有报道的COVID-19疫苗设计工作都是美国政府的Warp Speed操作的一部分,它们使用SARS-CoV-2的spike亚单位的变体来诱导免疫记忆。”

他们认为,对有限数量的病毒肽的关注成为疫苗的一个常见弱点。“我们发现,提出的SARS-CoV-2亚基疫苗在每个个体中产生大量预测肽- hla命中的能力上存在人口覆盖缺口。”HLAs是与肽结合的细胞表面受体的专业术语。

研究人员在他们的模型中举出了几个例子,这些例子表明缺乏更大的肽多样性导致了广泛变化的覆盖范围:

根据我们的预测,受体结合域(RBD)亚基没有MHC II级肽显示在15.12%的人口(平均在整个亚洲,黑色,和白色的自我报告个人)[…]我们注意,发现人口RBD没有MHC II级肽的预测显示范围从0.811%不爱你——副调制自我报告为白色,高的自我报告,亚洲人口占37.287%。

ZDNet联系了Moderna、辉瑞和阿斯利康请其发表评论,如果有任何回应,ZDNet将更新文章。

作者对制药商提出了一些建议。一种是明确地考虑遗传祖先。他们写道:“临床试验需要在其研究设计中仔细考虑血统,以确保在适当的人群中测量有效性。”

第二,正如他们在夏天的疫苗合成中所做的那样,Gifford和他的合作者们能够调整疫苗设计,使其包含更多样化的多肽。

他们的药物设计的计算机模型表明,如果加入更多的多肽混合物,将被覆盖的人群比例将大大提高,作者写道:

扩增肽的计算集被预测将大大减少被每个亚基不能充分覆盖的数量。扩增后,仅MIRA阳性多肽的RBD的预测未覆盖人群减少到0.003% (MHC I类)和4.351% (MHC II类),所有从SARS-CoV-2中筛选的多肽减少到0.0% (MHC I类)和0.309% (MHC II类)。(表S1)。

作者指出,他们的代码和数据可以在GitHub上免费获得。


 


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